Bioinformática aplicada aos genomas de microrganismos causadores de doenças infecciosas

A capacitação em Bioinformática com foco em genómica de doenças infecciosas em Moçambique é crucial. A Bioinformática é uma área interdisciplinar que combina conhecimentos da biologia, da informática e da estatística para lidar com dados biológicos complexos. Envolve o uso de técnicas computacionais para recolher, analisar, armazenar e interpretar informações biológicas, bem como dados de expressão genética, estruturas moleculares e outras informações relacionadas à biologia. A bioinformática desempenha um papel crucial na era da biologia molecular e genómica, permitindo aos cientistas investigar e entender processos biológicos em uma escala nunca antes possível. 

 

Objetivos de aprendizagem:

O Curso visa formar estudantes com competências em bioinformática para interpretação de dados genómicos montagem e notação de genomas, identificação de variantes genéticas, análise filogenética e estudo de evolução molecular. No final deste curso, os estudantes devem ser capazes de:

• Conhecer os conceitos biológicos fundamentais, como genética, biologia molecular, evolução, para que possam contextualizar a análise de dados computacionais na biologia. 
• Usar os softwares bioinformáticos, incluindo bases de dados genómicos, algoritmos de alinhamento de sequências;
• Descrever como a bioinformática pode ser aplicada na área de saúde pública;
• Conhecer as ferramentas utilizadas para fazer as análises dos dados de genómica e tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS);
• Identificar os procedimentos de alinhamento de sequências e análise filogenética;
• Conhecer programação Bash e ferramentas genómicas.

 

Conteúdo programático:

1 - Introdução à Bioinformática e à Genómica das Doenças Infecciosas
- Visão geral da bioinformática e da sua aplicação na genómica das doenças infecciosas
- Introdução aos genomas de agentes patogénicos humanos relevantes, como o VIH-1, o SARS-CoV-2, o Mycobacterium tuberculosis e o Plasmodium falciparum

2 - Tecnologias de sequenciação de nova geração (NGS)
- Introdução às tecnologias de NGS e aos formatos de ficheiro produzidos por NGS
- Ficheiros FASTQC: estrutura e informação sobre a qualidade da sequenciação

3 - Programação Bash e ferramentas genómicas
- Fundamentos da programação Bash e dos sistemas operativos LINUX
- Ferramentas para pipelines de análise genómica
- Ficheiros VCF: estrutura e manipulação

4 - Alinhamento de sequências e análise filogenética
- Introdução ao alinhamento de sequências e BLAST
- Ferramentas de análise filogenética
- Ficheiros Newick e visualização de árvores filogenéticas

5 - Mini-projeto
- Análise supervisionada de dados genómicos reais seleccionados pelos participantes
- Discussão dos resultados e conclusão do curso

 

Duração:

60 horas: 30 horas contacto direto + 30 horas contactos indireto (10 sessões) - 2 créditos.
Horário: 14:00 - 17:00 (hora de Moçambique)
Datas: 21 Outubro a 1 Novembro

 

Metodologia:

Sessões teóricas e práticas de análise de dados genómicos, discussão de artigos científicos, trabalhos individuais e de grupo. As sessões serão compostas por apresentações/seminários assim como exercícios a realizar individualmente e em grupo. 

 

Destinatários:

Este curso visa formar estudantes de doutoramento em ciência biomédicas e afins, em Bioinformática, e capazes de proativamente analisarem dados genómicos de microrganismos causadores de doença, que possam ser interpretados para resolução dos problemas de saúde pública em Moçambique: estudantes de doutoramento a realizarem trabalho em Moçambique (inscritos em Moçambique ou fora).
Será dada preferência aos estudantes a trabalhar na Universidade Eduardo Mondlane, Universidade Pedagógica de Maputo e Instituto Nacional de Saúde.

Avaliação:

Aos estudantes, exigir-se-á um elevado grau de participação ativa, procurando, sempre, adopção de metodologias de ensino-aprendizagem centradas nos estudantes. A avaliação formativa dos participantes far-se-á ao longo do processo de aprendizagem. A avaliação certificativa será realizada no final.Aos estudantes que completem o curso, ser-lhes-á atribuído um certificado de participação com 2,0 (dois) créditos académicos.

Equipa formadora:

José Sumbana (FAMED - Faculdade de Medicina - Universidade Eduardo Mondlane)
Samuel Chumane (INS-Instituto Nacional de Saúde)
Denise Brito (CB-UEM - Centro de Biotecnologia da Universidade Eduardo Mondlane)
Nuno Osório (UMinho - Universidade do Minho)
David Plaza (Karolinska Institute).

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